Theses


Themen für Bachelor- und Masterarbeiten
in unserer Gruppe

Wir bieten im Umfeld unserer laufenden Forschungs- und Kooperationsprojekte für interessierte Studentinnen und Studenten der Bioinformatik, Informatik und Medieninformatik spannende Themen für Bachelor- und Masterarbeiten an.
Wir laden dazu Studentinnen und Studenten gerne ein, sich neben den offenen auf dieser Webseite veröffentlichen Themen auch direkt an uns mit Themenwünschen zu wenden. Entsprechend den Interessen des Studierenden kann so auch ein Thema direkt gestaltet werden.
In unserer Gruppe werden Sie direkt von einem Mitarbeiter und der Gruppenleiterin eng betreut und haben auch für die Dauer der Arbeit einen Arbeitsplatz in der Gruppe. So profitieren Sie nicht nur von einer regen Diskussionskultur, sondern erleben auch jeden Tag, wie moderne Bioinformatikforschung gelebt wird.


Laufende studentische Arbeiten


Laufende Masterarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn
Application of NGS to the identification of antibiotic resistant bacteria (extern) / Kay Nieselt Wolfgang Haas
Large-scale Pangenomics Mihai Pop, UMD (extern) / Kay Nieselt Nils Oliver Schliebs
Integrative characterization of the house dust mite murine asthma model Kay Nieselt /Boehringer (extern) Kevin Menden

Laufende Bachelorarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn
Erstellung eines Web User Interface für die Vorhersage von Transkriptionsstartpunkten aus dRNA-seq-Daten Sven Fillinger / Kay Nieselt Julian Müller
Effiziente Identifikation von Claden-spezifischen SNPs Alexander Seitz / Kay Nieselt Katrin Fischer

Offene studentische Arbeiten


Offene Masterarbeiten

Thema BetreuerIn
Deciphering the transcriptome landscape of the antibiotics producing Streptomyces coelicolor Kay Nieselt
Identification and characterization of small RNA transcripts from differential RNA-seq data Kay Nieselt


Offene Bachelorarbeiten (weitere auch auf Nachfrage)

Thema BetreuerIn


Abgeschlossene studentische Arbeiten


Abgeschlossene Masterarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn Beendet
Studying Parasite-Host interaction Kay Nieselt / Tjeerd Dijkstra Fabian Mörtter Okt. 2017
Phylogenetic reconstruction of genomes from ancient DNA and modern DNA Kay Nieselt / Prof. Fischer (Greifswald) Veronika Böttcher Juli 2017
Methods for time-series differential gene expression analysis Kay Nieselt / Richard Neher Adrian Geißler November 2016
Metabarcoding workflows for Biodiversity assessment of belowground fungal communities Kay Nieselt / Nadine Ziemert Max Emil Schön Juni 2016
TSSpredator 2.0: Improved and enhanced transcription start site prediction Kay Nieselt/Alexander Herbig (Johannes Krause) Sven Fillinger Juni 2016
Evaluation and Extension of PASSAGE – Parallel Sequencing Systems for the Analysis of Gene Expression Kay Nieselt/Heinz Köhler Lucia Vedder Juni 2016
Testing framework and improved algorithms for ancient genome reconstruction Kay Nieselt/Johannes Krause Judith Neukamm Dezember 2015
StreptoExpress – genomewide expression analyses of Streptomyces coelicolor Kay Nieselt Natalya Sabirova September 2014
From the SuperGenome to the Pangenome of Bacteria Kay Nieselt/Friedrich Götz André Hennig April 2014
Bioprocess Data Modelling of Chinese Hamster Ovary Cells Kay Nieselt/Oliver Kohlbacher Julia Söllner September 2013
Efficient algorithms for Ancient Human Genome Reconstruction Kay Nieselt/Johannes Krause Alexander Peltzer November 2013
The SuperGenome of Staphylococcus aureus Alexander Herbig/Kay Nieselt/ Linus Backert August 2013
Algorithms for the assembly of ancient genomes Kay Nieselt/Johannes Krause Volodymyr Piven Juli 2013
A new very fast mapping algorithm based on sorting Kay Nieselt/Alexander Herbig/ Jörg Peter April 2013
Prediction and Systematic Comparison of Non-Coding RNAs in the Bacteria Kingdom Alexander Herbig/Kay Nieselt Andreas Friedrich November 2012
The history and evolution of SNPs in Yersinia pestis Kay Nieselt/Johannes Krause Philip Stevens September 2012
Statistics with confidence in comparative metagenomics Kay Nieselt/Daniel Huson Max Schubach April 2012
Metagenomic Pathway Analysis Kay Nieselt/Daniel Huson Tim Scheurenbrand Januar 2012
A dynamic model of metabolism in Enterococcus faecalis Kay Nieselt/Prof. P. Wills (NZ) Markus List Mai 2011
3D-Visualization Analytics for Transcriptomic Data Kay Nieselt/Prof. Gerik Scheuermann Günter Jäger November 2010
Automated Extraction of Variation Mentionas from Literature Sources and Mapping to a unique Database Identifier Kay Nieselt/Prof. P. Martin Hofmann-Apitius Philippe Thomas Juli 2008
Predition of tissue specific enhancers in Caenorhabditis elegans Kay Nieselt/Ralf Sommer / Christoph Dieterich Philipp Drewe November 2007

Abgeschlossene Bachelorarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn Beendet
Implementierung eines Tools zur Maskierung repetitiver Sequenzen in Genomen Alexander Seitz/Kay Nieselt Friederike Hanssen Februar 2017
Evaluierungstoolbox zur Assemblierung kurzer Sequenzfragmente altertümlicher, metagenomischer Proben Alexander Seitz/Kay Nieselt Lars-Christian Achauer August 2016
Funktions- und strukturbasierte Analyse genetischer Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen Alexander Seitz/Florian Battke Tobias Koch Februar 2016
Funktionale Annotation von genetischen Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen Alexander Seitz/Florian Battke Jonas Kübler Februar 2016
PanGeeDB: A SuperGenome-based database for Pan-genomes André Hennig/Kay Nieselt Marie Gauder Dezember 2015
Genexpressionsstudien in Streptomyces coelicolor mit Hilfe von Mayday André Hennig/Kay Nieselt Alexander Stoppel Mai 2015
Implementierung einer Toolbox zur automatisierten Reportgenerierung innerhalb der EAGER Pipeline Kay Nieselt/Alexander Peltzer Maximilian Hanussek August 2014
Toolbox zur Erstellung von Contamination Reports innerhalb der EAGER Pipeline Kay Nieselt/Alexander Peltzer Christopher Jürges April 2014
The expression landscape of monozygotic twins Kay Nieselt Alicia Owen August 2014
Collact.me Android App Development Aydin Can Polatkan Nicolai Wahn August 2014
Tweet content mining and visualization of user reputation scores for Collact.me framework Aydin Can Polatkan Philipp Weber April 2014
TOPAS – Toolkit for Processing and Annotating Sequence Data Kay Nieselt Simon Heumos April 2014
Bigramm-Alignierung und ihre Anwendung in der historischen Linguistik Lydia Steiner/Christian Höner zu Siederdissen/Kay Nieselt Nancy Retzlaff August 2013
Interaktives visuelles Clustering Günter Jäger Eugen Netz August 2013
Design and implementation of administration and enrichment tools for the Collaborative Social Network: Collact Aydin Can Polatkan Martin Lang August 2013
Mikrogravitationsabhänige Genexpression in Arabidopsis thaliana Kay Nieselt/Günter Jäger Ina Spirer August 2013
Parallelisierung des QT-Clusterings in Mayday Günter Jäger/Kay Nieselt Sebastian Nagel August 2012
Design und Implementierung einer REST-API für ein Soziales Netzwerk Aydin Can Polatkan/Kay Nieselt Patrick Haug August 2012
Extrahierung und Klassifizierung von Microblogging-Inhalten mit Anwendung auf bioinformatische Themen Aydin Can Polatkan/Kay Nieselt Jonas Begemann November 2012
Genomweite Expressionsanalyse mesenchymaler Stammzellen Kay Nieselt/Prof. Aicher Andre Hennig August 2011
Transcript Count Statistics for Expression Studies from Second-Generation Sequencing Data Florian Battke/Kay Nieselt Dilek Tuncbilek August 2011
Interaktive Visualisierung von systembiologischen Daten Kay Nieselt/Stephan Symons Matthias Munz Februar 2011
Vergleich von Vorhersage-Verfahren für non-coding RNAs in Bakterien Kay Nieselt/Alexander Herbig Philipp Kirstahler Februar 2011
Sequence based filtering of RNA-RNA interaction candidates Kay Nieselt/Alexander Herbig Julian Gutekunst Februar 2011
Fast alignment methods of RNA-sequencing data Kay Nieselt/Florian Battke Björn Petri Februar 2011
Detecting and modelling time shifts in microarray time series data applying Gaussian processes Kay Nieselt/Oliver Stegle (MPI) Max Zwießele September 2010
Experimentelle Annotation der Transkriptionslandschaften von Candida albicans und Candida dubliniensis Kay Nieselt/Kai Sohn (IGB) Philip Stevens September 2010
Automatisierung von Mayday mit Java Scripta> Kay Nieselt/Florian Battke Tobias Ries September 2010
Statistical Data Analysis for the Detection of Differentially Expressed Genes Kay Nieselt/Stephan Symons Sina Beier August 2009
Motif finding in Mayday Kay Nieselt/Florian Battke Frederik Weber September 2009
QT-Clustering für Mayday Kay Nieselt/Janko Dietzsch Günter Jäger August 2008
Erstellung eines effizienten Visualisierungs-Frameworks für Mayday Kay Nieselt/Florian Battke Philipp Bruns September 2008
Regulatorische Netzwerke mit Association-Mining Kay Nieselt/Stephan Symons Christian Sieber September 2008
Datenbank und Analyse von Immunologie-Expressionsdaten Kay Nieselt/Stephan Symons Steffen Sass September 2008

Abgeschlossene Diplomarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn Beendet
Schnelle und interaktive Clusterverfahren für Transkriptomdaten von Cyanobakterien Günter Jäger/Kay Nieselt Jennifer Lange September 2012
Kooperative Analyse von Hochdruchsatzdaten aus heterogenen Quellen durch Einbindung von Gaggle in Mayday Kay Nieselt/Dr. M. Bonin Claudia Broelemann Oktober 2011
Statistische Verfahren zur linearen und nicht-linearen Merkmalsextraktion und Anwendungen bei der Visualisierung von Transkriptomdaten Kay Nieselt/Dr. M. Huber Andreas Lehrmann März 2011
Genomweite Vorhersage von ncRNA-Transkripten und ihre Validierung mit RNA-Seq Kay Nieselt/Prof. Rolf Backofen Marc Rurik Dezember 2010
Statistische Anreicherungsmethoden und -analysen auf azyklischen Graphen Kay Nieselt/Prof. Oliver Kohlbacher Roland Keller August 2010
Entwicklung von Verfahren zur Berechnung von digitalen Expressionsprofilen aus “Next-Generation”-Sequenzierungstechnologien Dr. Steffen Hüttner/Kay Nieselt/Prof. Rammensee Stephan Körner Juli 2010
Nicht-negative Matrixfaktorisierung mit Anwendung auf Motifsuche in Promotorregionen Kay Nieselt/Gunnar Raetsch Sebastian Nerz Juni 2010
Genome-wide comparison of pathogenic and nonpathogenic staphylococci Kay Nieselt/Prof. F. Goetz Stefan Raue Mai 2010
Detection and Annotation of non-coding RNAs in Staphylococci Kay Nieselt/Prof F. Goetz Daniel Lehle Mai 2010
Progressives Partial Order Alignment mit Anwendung auf Transkriptionsfaktorbindungsstellen Kay Nieselt/Prof. Ralf Sommer (MPI Tübingen) Georgios Papadopoulos November 2009
Skalierbare Methoden zur interaktiven Visualisierung genomweiter Genexpressionsdaten Kay Nieselt/Prof. Dirk Bartz (Uni Leipzig) Christian Zipplies Juni 2009
Algorithms for the integrated analysis of ChIP-chip, ChIP-seq and mRNA expression data Kay Nieselt/Prof. Müller-Tidow (Uniklinik Münster) Lucia Spangenberg Juni 2009
COAT: Cross Organism Analysis Toolkit Kay Nieselt/Tobias Rasse (Hertie-Institut) Hannes Angst April 2009
Illumina array algorithms for Mayday Kay Nieselt/Michael Bonin (Microarray Facility Tübingen) Nastasja Trunk März 2009
Algorithmen zur Merkmalsselektion aus Expressionsexperimenten zur Klassifikation multipler Tumortypen Kay Nieselt/Prof. Müller-Tidow (Uniklinikum Münster) Karin Zimmermann September 2008
Visualization and clustering of the expression content of multiple groups using barycentric coordinates Kay Nieselt/Dr. Michael Bonin Stephan Gade Juli 2008
Classification of non-coding RNAs in prokaryotes Kay Nieselt/Prof. Takano (Univ. Groningen) Alexander Herbig Juni 2008
Algorithmen zur Identifizierung rhythmischer Expressionsmuster Kay Nieselt/Dr. Derek Zieker und Prof. Northoff (Transfusionsmedizin IKET) Katharina Buck Mai 2008
SpRay: Eine Visual-Analytics-Plattform für hochdimensionale Daten Kay Nieselt/Janko Dietzsch and Prof. Dirk Bartz (Uni Leipzig) Julian Heinrich Februar 2008
XML als Werkzeug zur Verwaltung und Integration von Microarray-Daten Kay Nieselt/Prof. Oliver Kohlbacher Claas Eggert Januar 2008
OrthoExpress: Organismenübergreifende Expressionsanalysen aus multiplen Experimenttypen Kay Nieselt/Dr. Tobias Rasse (Hertie-Institut Tü) Michael Knopp November 2007
Oligo hybridisation quality control for ChIP-Chip applications and combinatorial analysis of epigenetic modifications in promotor regions Kay Nieselt/Prof. Carsten Müller-Tidow (Uniklinik Münster) Florian Battke November 2007
Structural Analysis of Natural Antisense transcripts Kay Nieselt/Dr. Stephan Steigele and Prof. Peter Stadler (Uni Leipzig) Mathias Ganter September 2007
Expression correlation of natural antisense transcripts in bacterial transcriptomes Kay Nieselt/Prof. Eriko Takano (Univ. Groningen) Christian Bender September 2007
Robuste Merkmalsselektion aus Bipartitionen von Microarray-Expressionsdaten mit Anwendungen auf aggregierte Tumordaten Kay Nieselt/Dr. Derek Zieker und Prof. Königrainer (UKT) Christian Schillinger August 2007
Molekulare Signaturen primärer intestinaler Tumore Kay Nieselt/Dr. Derek Zieker / Prof. Königsrainer (Klinikum Tübingen) Bettina Knapp August 2007
Molekulare Evolution im Guppy Prof. C. Dreyer (MPI f. Entwicklungsbiologie)/Kay Nieselt Eva-Maria Willing Januar 2007
Comparative Analysis of Genome Architecture in Caenorhabditis Dr. Christoph Dieterich (MPI f. Entwicklungsbiologie)/Kay Nieselt Christian Rödelsperger Dezember 2006
Funktionelle Analyse von Genexpressionsdaten und Visualisierung beteiligter metabolischer Netzwerke (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, PD Fehm) Kay Nieselt/Dr. Hans Neubauer Katrin Deubel August 2006
A survey of Natural Antisense Transcripts in the bacteria and archaea kingdoms Kay Nieselt/Prof. Dr. Wolfgang Wohlleben Markus Riester Juli 2006
Machine learning algorithms for Microarray Data Kay Nieselt/Prof. Oliver Kohlbacher Stephan Symons April 2006
Comparative Analysis and Visualization of Epigenomic and Gene Expression Microarray Data Kay Nieselt/Carsten Müller-Tidow Matthias Zschunke März 2006
Visualization and Integration of LC/MS Proteomics Data Kay Nieselt/Leroy Hood (ISB Seattle) Nils Gehlenborg März 2006
New Results on Evolutionary Trees: Closure Operations, Generalised Convexity and Generating Functions Kay Nieselt/Prof. Daniel Huson Tobias Thierer Dezember 2005
Verbesserte Graphische Oberfläche und Algrothmen für Affymetrix® Resequenzierungs-Microarrays Kay Nieselt/Prof. Dr. Olaf Rieß Kirstin Weber Dezember 2005
Genomweite Rekonstruktion und experimenteller Nachweis repetitiver Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten Prof. Ralf Sommer (MPI)/Stephan Steigele/Kay Nieselt Alexander Breit Mai 2005
3did: a structural framework for second generation prediction algorithms of protein-protein interactions (in Kollaboration mit EMBL Heidelberg Dr. Patrick Aloy) Dr. Patrick Aloy (Biologiebetreuer)/Kay Nieselt Amelie Stein Mai 2005
Genome-wide analysis of growth-phase dependent genes in Streptomyces coelicolor Prof. Dr. Wolfgang Wohlleben/Kay Nieselt Daniela Eggle März 2005

Abgeschlossene extern betreute Diplomarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn Beendet
Graph-theoretical Approaches to the Multiple Sequence Alignment Problem Michael Kaufmann/Kay Nieselt Jonas Müller April 2010
Genome-wide identification and characterization of HOX targets based on ChIP-seq data and in silico methods Kay Nieselt/Detlef Weigel Michael Piechotta August 2009
Improving Gene Finding Accuracy with Tiling Array and RNA-Seq Data Kay Nieselt/Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tübingen) Jonas Behr August 2008
Analysis of small RNA pathway mutants using whole genome tiling arrays Kay Nieselt/Prof. D. Weigel (MPI Tübingen) Timo Sachsenberg September 2008
Analysis of alternative transcripts in Arabidopsis thaliana with whole genome arrays Kay Nieselt/Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tübingen) Johannes Eichner Juli 2008
Maximale Cliquen in c-max-Toleranzgraphen und ihre Anwendung in der Gruppierung molekularer Sequenzen Kay Nieselt/Michael Kaufmann / Katharina Anna Lehmann Ulrike Schöck März 2007
On Small-World Networks Michael Kaufmann/Kay Nieselt Hendrik Post August 2005

Abgeschlossene Studienarbeiten

Thema BetreuerIn BearbeiterIn
Using whole genome tiling microarray for gene expression analysis in Drosophila melanogaster Kay Nieselt/Steven Henikoff Martin Riedel
Ein interaktiver TreeBrowser von Microarraydaten und splitinduzierte Merkmalsselektion Kay Nieselt Thomas Löffler
Microarray-Analyse in Cyanobakterien Kay Nieselt/Prof. K. Forchhammer Jennifer Lange
Antisense-Transkripte in Staphylokokken Kay Nieselt Gideon Zipprich
GlnR Regulation in Actinomycetes Kay Nieselt/Jens Reuther Lars Rosenbaum
A HMM based gene finder for Pristionchus pacificus Kay Nieselt/Christoph Dieterich Alexander Herbig
Extending Parallel Coordinates for Bioinformatical Applications Kay Nieselt/Janko Dietzsch/Dieter Bartz Julian Heinrich
Evolution of Gene Structure Kay Nieselt/Christoph Dieterich/Ralf Sommer Patrick Sobetzko
Implementation of a Generic Pipeline for Genomic signal Prediction Kay Nieselt/Gunnar Rätsch Jonas Behr
EISEV – Ein Programmm zur Betrachtung der Evolution von Exon-Intron-Strukturen Kay Nieselt/Christoph Dieterich Thomas Müller
Theoretical and practical QTL mapping Pristionchus pacificus Kay Nieselt/Christoph Dieterich Stephanie Gursch
Theoretical and practical QTL mapping Pristionchus pacificus Kay Nieselt/Christoph Dieterich Andrea Sprecher
Phylogenetische Profile von Transkriptionsfaktorbindungsstellen in Hefestämmen Kay Nieselt/Christoph Dieterich Georgios Papadopoulos
Textmining in Mayday Kay Nieselt Michael Piechotta
Non-coding RNA detection and characterization in Neisseria meningitidis Kay Nieselt Stephan Körner
Visualisierung von NAT-Netzwerken Kay Nieselt Marc Rurik
A Mayday plugin for Affymetrix chip analysis Kay Nieselt/Stephan Symons Anna Jasper
A visualisation plugin for Microarray Quality Control in Mayday Kay Nieselt/Stephan Symons Nastasja Trunk
Eine Pipeline zur automatischen genomweiten Detektion und Annotation von Antisense-Transkripten Kay Nieselt/Stephan Steigele Jörg Hagmann
Eine Pipeline zum automatischen, genomweiten Primer-Design von kodierenden und nicht-kodierenden Genen Kay Nieselt/Eriko Takano (Univ. Groningen) Klaus Kopec
High-throughput automization of annotation of antisense transcripts in many genomes Kay Nieselt/Stephan Steigele Claudia Eisbrenner
Genomweite Vorhersage von nicht-kodierenden RNA-Genen in Streptomyzeten Kay Nieselt/Stephan Steigele Jonas Müller
Konvergierende Phylogenien Kay Nieselt/Stephan Steigele Michael Hagmann
A Graphical Filtering Framework for Mayday Kay Nieselt/Janko Dietzsch Florian Battke
Detektion biologischer Repeats mit Hilfe von Suffixbäumen Stephan Steigele/Kay Nieselt Britta Hagmeyer
Implementierung von Clusterverfahren in Mayday (in Kollaboration mit MPI f. Entwicklungsbiologie, Prof. D. Weigel, Dr. Stefan Henz ) Janko Dietzsch/Stefan Henz (externer Betreuer)/Kay Nieselt Markus Riester
Microarray-Datenbank höherer Eukaryonten mit Anbindung an Mayday Janko Dietzsch/Kay Nieselt Stephan Symons
Erstellung einer Graphischen Benutzeroberfläche und von Sequenzclusterprogrammen im Rahmen des Projekts PhyloPipe Stephan Steigele/Kay Nieselt Ralf Eilbracht
PhyloPipe: Pipeline zur automatischen Rekonstruktion von Phylogenien Stephan Steigele/Kay Nieselt Jan Philipp Meier-Kolthoff
Anbindung von R in Mayday Janko Dietzsch/Kay Nieselt Matthias Zschunke
Detektion und Annotation von Repeats in Pristionchus pacificus Stephan Steigele/Kay Nieselt Alexander Breit
Integration von Quartett-Mapping in jSPLITS Kay Nieselt/Tobias Klöpper Kristoffer Forslund
Visualisierung von geclusterten Genexpressionsdaten Janko Dietzsch / Kay Nieselt Nils Gehlenborg
Genomweite in silico Detektion und Annotation von Natürlichen Antisense Transkripten inSaccharomyces cerevisiae Stephan Steigele/Kay Nieselt Daniela Eggle
J-iQMAP: interactive Quartet Mapping in Java Janko Dietzsch/Kay Nieselt Carola Huthmacher
Integration von VMATCH und RepeatMasker Stephan Steigele/Kay Nieselt Kirstin Weber
Detektion von Motiven in regulatorischen Regionen mit Signaltransformationen Janko Dietzsch/Kay Nieselt Marc Röttig